Die Verfahrensdokumentation enthält, wie und in welchen Abständen z.B. das tägliche Kassenbuch zu führen ist. Es regelt auch, wie und in welchen Abständen Daten in der Apotheke zu sichern sind und auch das IKS ist fest in der Betriebsdokumentation verankert.
Die technische Betriebsdokumentation des Kassenherstellers ersetzt nicht die Verfahrensdokumentation des Betriebes. Dies ist insofern nicht möglich, da der Kassenhersteller die Vielzahl von relevanten Abläufen des Betriebes nicht kennen kann.
Bei jeder Anwendungsänderung am System ist die Verfahrensdokumentation zu aktualisieren und mit einer neuen Versionsnummer abzulegen. Im schlimmsten Fall kann die gesamte Buchführung verworfen werden und mehr als nur Sicherheitszuschläge auf den Inhaber des Unternehmens zukommen, ausgegangen von einer Schätzung der Besteuerungsgrundlagen. Eine negative Kassen-Nachschau oder Betriebsprüfung kann dazu führen, das das Finanzamt die gesamte Buchhaltung nicht anerkennt und verwirft.
Nach Aussagen der Finanzbehörden sollen die Außenprüfer künftig verstärkt nach Mängeln in der Verfahrensdokumentation suchen. Wenn dabei nicht alles stimmt, drohen bei der Prüfung unmittelbar Hinzuschätzungen.
Das Fehlen der Verfahrensdokumentation stellt dann im Rahmen einer Betriebsprüfung einen Formalmangel dar und kann im Betrieb zu ganz deutlichen Sicherheitszuschlägen auf den Gewinn und somit zu ganz erheblichen Steuernachzahlungen führen.